Đồng Tháp có hệ thống sông ngòi chằng chịt với 229 tuyến sông, kênh, rạch với tổng chiều dài khoảng 2.490km. Vì chưa có giao thông đường không, đường sắt và hệ thống giao thông đường bộ còn nhiều hạn chế nên hoạt động giao thông đường thủy là đường vận chuyển cơ bản, truyền thống phục vụ nhu cầu người dân đi lại và vận chuyển hàng hóa. Tính đến năm 2016, địa bàn tỉnh có 3 bến phà và 221 đầu bến khách ngang sông, 602 bến thủy nội địa và khoảng 49.000 phương tiện đường thủy buộc phải đăng ký, đăng kiểm.[7]